Le CNAJEP est né en 1968. Sa date de naissance témoigne des raisons qui ont amené les mouvements de Jeunesse et les associations d'Education Populaire appartenant à des horizons très divers, à des familles politiques ou des secteurs d'activités différents à se rencontrer pour ensuite créer un lieu de dialogue et de concertation qui soit l'interlocuteur des Pouvoirs Publics sur les questions concernant la Jeunesse, l'Education Populaire, la formation.
En 1974, le CNAJEP s'est élargi à la dimension internationale en fusionnant avec le Comité des Relations Internationales, le CRIF, devenant ainsi le Comité pour les Relations Nationales et Internationales des Associations de Jeunesse et d'Education Populaire.
Historique

Quelques points de repère
| 1968 (27 mai) |
Création du CNAJEP (association de fait) Déclaration Constitutive du CNAJEP |
| 1970 |
Création du CRIF (Comité pour les Relations internationales des Associations Françaises de Jeunesse et d’Education Populaire, association loi 1901) |
| 1974 |
Création du BEJEP (Bureau d’Etude Jeunesse Education Populaire), association loi 1901, il fonctionnera jusqu’en 1987 Unification de ces trois organismes dans le CNAJEP |
| 1984 |
Intégration de l’action de COGEDEP (association pour le déplacement des jeunes, à vocation éducative) dans le CNAJEP |
| 1994-1995 |
Assises permanentes des associations de jeunesse et d'éducation populaire |
| 1999/2000 |
Assises "Agenda 2000 : un cadre d'action pour les associations" |
| 2006 |
Décembre – lancement de la campagne « Politiquement Jeune » à l'occasion du colloque intitulé « Les jeunes s'engagent pour faire bouger la politique », organisé à la mairie de Paris. |
| 2008 |
Lancement d'« Agorajep », le Forum Permanent de la Jeunesse, de l'Education Populaire et de la Culture. |



